Le croisement de l’archéologie et de la biodiversité pour la conservation d’une forêt vivante : perspectives amazoniennes
Plus de la moitié des animaux et des plantes vivantes de la planète vivent dans les forêts tropicales, et plus de la moitié des espèces de poissons du monde vivent dans les rivières d’eau douce de ces forêts. Malgré son importance écologique inestimable, l’Amazonie, la plus grande forêt tropicale du monde, a vu sa biodiversité affectée par plusieurs facteurs au cours des dernières années : la déforestation, l’expansion de l’agriculture et de l’élevage dans les zones forestières, l’augmentation des incendies de forêt et la multiplication des sécheresses extrêmes. Comment conserver une biodiversité déjà menacée ? L’archéologie, en particulier l’archéozoologie et l’archéobotanique, fournissent des donnés qui, combinées aux études climatiques et écologiques, permettent de comprendre comment la biodiversité a évolué au fil du temps.
Si d’une part, la riche biodiversité en Amazonie peut être expliquée par sa présence en région tropicale, de l’autre, des études récentes menées dans la région ont révélé que la biodiversité amazonienne a été aussi façonnée par les peuples traditionnels il y a au moins 12.500 ans, période marquée par de premières preuves de l’occupation humaine dans la région (Roosevelt, 1996 ; Aceituno et al., 2024). Au cours de ces milliers d’années, ces peuples ont contribué au maintien de la richesse spécifique, et également à son augmentation due à la gestion et à la domestication de plus de 40 espèces de plantes (tubercules, palmiers, fruits) comme le cacao, le manioc, le cupuaçu, etc. (Shock & Watling, 2022 ; Levis et al, 2024a). Afin d’étudier les interactions entre les populations humaines et les forêts tropicales, un nouveau projet s’est intéressé à l’étude d’amas-coquilliers découverts dans la région du Bas fleuve Amazone (entre les villes de Santarém et Belém) au Brésil.
Les amas coquilliers sont des monuments de coquilles construits par les populations humaines pendant plusieurs millénaires. Ces types de sites peuvent varier de 3 à 40 mètres de haut et ils ont été construits par des raisons diverses : certains sont des accumulations des aires de rejets, sur d´autres sites, les coquilles ont été utilisés pour enterrer les morts, et encore, dans certains amas-coquillers, les mollusques ont été utilisés comme matériel constructif, utilisés pour élever les sols d´habitation ou gagner de l’espace habitable. Quelques sociétés humaines construisent encore ce type de monument dans certaines régions du monde comme sur la côte ouest africaine. Au Brésil, ils sont connus comme sambaquis, le mot vient de la langue autochtone Tupi, tãba (coquilles) et ki (tas), l’ensemble veut dire « tas de coquilles ». Dans le Bas Amazone, ces amas coquilliers ont été construits dans des larges îles et plaines d’inondation localement connue comme « várzeas » (Figure 1).

Pour donner une idée de dimension, dans cette portion du fleuve Amazone, la distance entre les deux berges du fleuve peut atteindre 40 kilomètres. Aujourd’hui, pendant la saison de pluies, ces îles (et les sites archéologiques) sont inondées par l’eau et ne peuvent être visités que pendant la saison sèche (entre septembre et décembre). Une dizaine de ces sites ont été découverts par des naturalistes au XIXème siècle et un seul site, Taperinha, a été fouillé par l’archéologue Anna Roosevelt dans les années 80 (Roosevelt et al., 1991). Depuis, il n’y a plus eu de recherche sur les amas coquilliers de la région. Si la plupart de ces sites n’ont jamais été datés, Taperinha fournit des dates entre 8 000 et 4 000 ans avant le présent, et offre ainsi une référence chronologique. Les amas-coquilliers représentent des contextes uniques de préservation de matériaux organiques (graines, os d’animaux, etc.), et ils se présentent comme des témoignages permettant d’évaluer l’évolution de la biodiversité à long terme, reliant le passé et le présent. Les surfaces de ces sites sont couvertes d’artéfacts et d’ossements de nombreux animaux (tortues, lamantins d’eau douce, dauphins, poissons pirarucu, etc.), montrant que ces lieux étaient exploités par des populations anciennes (Figure 2). Au cours des dernières décennies, la pression exercée par la pêche intensive a mis en danger d’extinction plusieurs de ces espèces.

En croisant l’archéozoologie et l’archéobotanique, notre proposition est de combiner des méthodes issues de l’archéologie, de la botanique actuelle, de la géologie et de la géomorphologie afin d’étudier la diversité archéologique et biologique de ces zones en se posant les questions directrices suivantes :
- Qui sont les peuples qui ont construit les amas-coquilliers du Bas Amazone ?
- Les conditions environnementales des plaines inondables amazoniennes ont-elles changé au cours des 4000 dernières années, et comment ont-elles évolué ?
- Comment ces peuples sambaquieiros ont utilisé les ressources naturelles des plaines d ‘inondation ?» et, finalement,
- Quelles leçons pouvons-nous tirer grâce aux sambaquis sur la gestion des ressources naturelles dans le présent ?
Notre hypothèse est que la diversité des espèces végétales et animales exploitées par les groupes humains dans les plaines inondables de l’Amazonie était autrefois beaucoup plus qu’elle ne l’est aujourd’hui. Pour tester cette hypothèse, nous sommes en train de (1) identifier les espèces animales et végétales présentes dans les amas coquilliers, en évaluant leur présence/absence ainsi que leur augmentation/diminution dans le registre archéologique, et (2) évaluer la gestion ancienne et moderne des ressources aquatiques. Afin d’intégrer et d’enrichir les connaissances sur la faune et la flore locales, au moment de la fouille, des équipes travaillent également pour constituer des collections de référence d’animaux et de plantes de la plaine d’inondation (Figure 3). Ces référentiels nous permettront d’identifier les vestiges archéologiques de ces espèces et de les associer aux zones de la plaine inondable où elles sont actuellement récoltées. Ces collections nous permettent aussi d’enrichir les institutions locales avec qui nous travaillons.

Les conditions de fouilles sur ces sites sont particulières parce que, entourés par l’eau, il nous est arrivé de loger dans un bateau pendant 20 jours (Figure 4). Deux fouilles ont eu lieu jusqu’à présent dont des centaines de milliers de restes d’animaux (ossements de poissons, caïmans, serpents, cervidés) et de végétaux (graines, charbons de bois) ont été prélevés. Chaque groupe animal et végétal sera étudié dans les années à venir.

Quand on parle de conservation des forêts tropicales, une question se pose: qui maintient la biodiversité de cette forêt aujourd’hui ? C’est important de rappeler que ce sont les communautés traditionnelles (autochtones, quilombolas et riveraines) qui pratiquent, sur le terrain, cette conservation (Levis et al., 2024b). Certaines communautés locales interviennent de manière indépendante pour élaborer et mettre en œuvre des plans et accords de gestion visant la récolte durable des ressources de la forêt (huiles, fruits) et des animaux (tortues, poissons, etc). Aujourd’hui, les amas coquilliers sont habités par plusieurs populations traditionnelles qui cohabitent avec ces matériaux archéologiques. Sur les sites archéologiques d’Amazonie, l’archéologie a la chance de pouvoir apprendre avec ces communautés des systèmes techniques de pêche, de culture de plantes, de production céramique très anciens et toujours pratiqués. Ainsi, en Amazonie nous assistons, au cours de ces dernières années, au développement d’une archéologie qui reconnaît le rôle central des communautés et peuples traditionnels dans la conservation et qui s’engage à travailler de manière conjointe pour et avec les gens. Plusieurs pratiques d’une science plus participative peuvent être réalisées pour renforcer les liens recherche-communautés :
- Organiser des réunions conjointes pour élaborer des questions scientifiques communes,
- Proposer des visites aux adultes et aux enfants sur les chantiers de fouille (Figure 5),
- Valoriser le travail de communication scientifique.
Le dialogue avec les illustrateurs et professionnels de la communication scientifique se montre essentiel pour diffuser les avancées de la recherche dans un langage accessible. Une autre pratique de plus en plus courante et envisageable est celle d’inclure des collaborateurs locaux dans des publications scientifiques (Prestes-Carneiro et al., 2020; Levis et al, 2024b). La co-signature de projets et de publications est une manière de reconnaître l’importance des connaissances et des communautés traditionnelles.

Le projet « Ancient windows into biodiversity on the Lower Amazon: Insights from shell mounds on ecosystem conservation and management» est coordonné par Gabriela Prestes-Carneiro, du Museum national d’Histoire naturelle et a été construit avec des collègues brésiliens de l’ Université Fédérale de l’Ouest du Pará (Myrtle Pearl Shock, Anne Rapp Py-Daniel et Claide de Paula Moraes) et de l’Université Fédérale de São Paulo (Vinicius Ribau Mendes). Les premières années du projet (2022 à 2024) ont été financées par l’Institut Serrapilheira et à partir de 2025 le projet «SAMBAQUIS » fait partie des Missions Franco-Brésiliennes financées par le Ministère de l’Europe et des affaires étrangères (MEAE).
Bibliographie
Aceituno, F. J., Robinson, M., Morcote-Ríos, G., Aguirre, A. M., Osborn, J., & Iriarte, J., 2024 – The peopling of Amazonia: Chrono-stratigraphic evidence from Serranía La Lindosa, Colombian Amazon. Quaternary Science Reviews, 327, 108522.
Clement, C. R., Denevan, W. M., Heckenberger, M. J., Junqueira, A. B., Neves, E. G., Teixeira, W. G., & Woods, W. I., 2015 – The domestication of Amazonia before European conquest. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 282 (1812), 20150813.
Levis, C., Costa, F. R., Bongers, F., Peña-Claros, M., Clement, C. R., Junqueira, A. B., … & Sandoval, E. V., 2017 – Persistent effects of pre-Columbian plant domestication on Amazonian forest composition. Science, 355 (6328), 925-931.
Levis, C., Rezende, J. S., Barreto, J. P. L., Barreto, S. S., Baniwa, F., Sateré-Mawé, C., … & Biehl, J., 2024a – Indigenizing conservation science for a sustainable Amazon. Science, 386 (6727), 1229-1232.
Levis, C., Flores, B. M., Campos-Silva, J. V., Peroni, N., Staal, A., Padgurschi, M. C., … & Clement, C. R., 2024b – Contributions of human cultures to biodiversity and ecosystem conservation. Nature Ecology & Evolution, 8 (5), 866-879.
Prestes-Carneiro, G.; Guzman, B. S.; Karageorge, E.; Yunoki, T.; Ibanez, S. O.; Mafaile, G. S.; Rivero, H. O.; Tibubay, J. A. D.; Ibanez, F. L. O.; Miranda, G., 2020 – Los peces del río Iténez: Conocimiento local de la comunidad Versalles. 1. La Paz: Plural. https://comunidadversalles.files.wordpress.com/2020/05/guc3ada-peces-opt..pdf
Roosevelt, A. C., Lima da Costa, M., Machado, C. L., Michab, M., Mercier, N., Valladas, H., … & Schick, K., 1996 – Paleoindian cave dwellers in the Amazon: the peopling of the Americas. Science, 272 (5260), 373-384.
Roosevelt, A. C., Housley, R. A Da Silveira, M. I., Maranca, S., & Johnson, R., 1991 – Eighth millennium pottery from a prehistoric shell midden in the Brazilian Amazon. Science, 254 (5038), 1621.
Shock, M. P., & Watling, J. 2022 – Plantes et peuplement : questions et enjeux relatifs à la manipulation et à la domestication de végétaux au Pléistocène final et à l’Holocène initial au Brésil et en Amazonie. Brésil (s). Sciences humaines et sociales.
Les autrices
Gabriela Prestes Carneiro est Maîtresse de conférences au Museum national d’histoire naturelle, Paris (France), spécialiste en bioarchéologie des ressources aquatiques.
Myrtle Pearl Shock, Professeur à l’Université Fédérale de l’Ouest du Pará, Santarém (Brésil) spécialiste en archéobotanique tropicale.
OpenEdition vous propose de citer ce billet de la manière suivante :
Gabriela Prestes Carneiro & Myrtle Pearl Shock (6 juin 2025). Le croisement de l’archéologie et de la biodiversité pour la conservation d’une forêt vivante : perspectives amazoniennes. Bioarchéologies. Consulté le 14 mars 2026 à l’adresse https://doi.org/10.58079/142f4

